Лучше всего мыть пенис каждый день.
Если вы не обрезаны, очищайте также головку пениса под крайней плотью. Для этого отодвиньте крайнюю плоть и вымойте головку пениса теплой водой с небольшим количеством мыла. У некоторых мальчиков и мужчин головка пениса чувствительна к мылу. В этом случае лучше используйте мыло без отдушек или вообще откажитесь от мыла.
Под крайней плотью может образовываться белый налёт. Этот налёт называется смегмой. Она пахнет и содержит бактерии, клетки кожи и остатки мочи. Это может привести к воспалению головки пениса (баланит). Бактерии могут быть переданы партнёру или партнёрши при незащищённом половом акте или оральном сексе.
Некоторые мужчины сбривают у себя лобковые волосы. Бритьё для соблюдения гигиены не обязательно.
بهتر است که هر روز آلت جنسی خود را بشوئید.
اگر ختنه نشده اید، کلاهک زیر پوست ختنه گاه (پیش پوست) را هم بشوئید. برای این کار پوست ختنه گاه را به عقب بکشید و کلاهک را با آب گرم و کمی صابون بشوئید. کلاهک آلت جنسیِ بعضی از پسران و مردان، نسبت به صابون حساسیت نشان میدهد. در این صورت بهتر است از صابون بدون عطر استفاده کنید و یا اصلاً از صابون استفاده نکنید.
ممکن زیر پوست ختنه گاه، لایه سفیدی تشکیل شود که نام آن اسمگما یا پنیرک است که بو میدهد و حاوی میکرب، سلولهای پوست و بقایای ادرار است. این امر ممکن است باعث التهاب کلاهک آلت جنسی (بالانیت) شود. میکربها ممکن است در هنگام آمیزش جنسی بدون محافظت یا سکس دهانی به پارتنرتان منتقل شود.
بعضی مردها موهای اندامهای جنسی خارجی (زهار) خود را میتراشند. این کار برای بهداشت خوب ضروری نیست.