قطع (مثله) کردن اندام جنسی زن  گاهی ختنه هم نامیده میشود. برای این کار کلیتوریس و گاهی هم بخشی از لبهای داخلی مهبل (واژن) قطع میشود. بعضی مواقع پوست لبهای مهبل (واژن) نیز به هم دوخته میشود. دختر  یا زن بعد از انجام این کار فقط مجرای کوچک خروجی برای دفع از مهبل (واژن) دارد. ختنه زنان اغلب منجر به التهاب و خونریزی میشود. بسیاری از زنان ختنه شده، تمایل جنسی کمتری دارند و هنگام سکس احساس درد میکنند. ختنه بعدها نیز به سلامتی زن صدمه میزند. قطع (مثله) کردن اندام جنسی زن در اروپا ممنوعیت قانونی دارد.

يسمى أحياناً تشويه الأعضاء التناسلية للإناث أو طهور البنات. يتم فيه إزالة البظر، وأحياناً إزالة أجزاء من الشفرين الداخليين أيضاً. كما يتم في بعض الأحيان خياطة الشفرين معاً. وبالتالي لا يظل لدى الفتاة أو السيدة سوى فتحة صغيرة من المهبل لخروج الإفرازات أو الدم. في كثير من الأحيان تصاب البنات بعد الختان بالتهابات ونزيف. الكثير من النساء اللاتي تعرضن للختان يشعرن بمتعة أقل ويتألمن أثناء ممارسة الجنس. علاوة على ذلك يسبب الختان أضراراً صحية فيما بعد. يحظر القانون في أوروبا ختان البنات.